1997年年底，马云决定到北京发展。他带着“中国黄页”的6个新人，从杭州来到北京。马云一行加盟到外经贸部中国国际电子商务中心，运作该中心所属国富通信息技术发展有限公司。在不到一年的时间内，他们开发了外经贸部官方站点、网上中国商品交易市场、网上中国技术出**易会、中国招商、网上广交会和中国外经贸等一系列站点。其中，外经贸部站点成为国内部委中最早上网的政府站点，网上中国商品交易市场是中国政府首次组织的互联网上的大型电子商务实践。马云与雅虎杨致远合作，使国富通成为雅虎在中国的独家广告代理。
1997、1998年这两年，马云在北京干得很漂亮，但他没有就此满足，而是在寻求更好的发展方向。
1999年2月，马云到新加坡参加亚洲电子商务大会，发现讨论的是亚洲电子商务，发言的85％是美国人，说的全是ebay、amazon。他突然蹦出一个想法，欧美的电子商务市场，特别是b2b模式是针对大企业的，亚洲电子商务市场主要在中小型企业。马云决定创办一种中国没有，美国也找不到的模式。
当时，在滴水成冰的北京的冬天，整个公司团队共18个人，马云只给他们3天时间考虑，回杭州的条件是每月只有500元工资，在加拿大mba毕业的也一视同仁。一边是实惠，一边是梦想，大家被梦想所激动，来到长城，在长城上宣誓“要做一个伟大的企业”，一幅风萧萧易水寒的感觉。春节后在杭州的创业动员会上，大家把各自口袋里的钱掏出来，凑了50万元，开始创办阿里巴巴网站，明确其发展方向是为商人建立一个全球最大的网上商业机会信息交流平台。
为了这个目标，一段时间里，他们似乎销声匿迹了。没有办公室，就在马云家办公（家里最多的时候坐了35个人），把自己封闭在房间里，埋头苦干，每天工作16到18个小时。员工住的地方不能离马云家超过5分钟，每天深夜回家睡几个小时马上又开始工作。买东西要砍价到对方毫无利润的地步，然后用三轮车拉回公司。
阿里巴巴一开始就与美国成功的电子商务网站雅虎、亚马逊、ebay都不同，着眼于中小企业网上交易。“美国当时的电子商务都针对大企业，大企业需要的是怎么帮他们省钱，这比较难以突破，而中小型企业的思路是帮助他赚钱，让他通过我们的网络发财。”
很快，互联网进入了狂热期，it风险投资界的大佬孙正义出现在北京，约了众多国内互联网企业的ceo面谈，其中包括王志东、张朝阳、丁磊等人。因来访的人太多，孙正义只给了每人20分钟时间。与众不同的是，马云欲擒故纵，说不缺钱。孙正义反而请他一定要去日本面谈，结果6分钟敲定了2500万美元的投资，包括软银、日本亚洲、富达、汇亚基金、tdf风险投资、瑞典投资等六家，其中软银为2000万美元。阿里巴巴管理团队仍绝对控股。
事实证明马云在商业模式和资本博弈上确有一手。到2001年初期，阿里巴巴拥有来自202个国家的42万个商人会员。欧洲很多商会都与他们签订协议，把阿里巴巴推荐给中小企业。美国商务部也重点推荐阿里巴巴给其用户。他们所开创的为商人与商人之间实现电子商务而服务的模式，被认为是符合亚洲，特别是符合中国发展特点的b2b模式。
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