派系之争的激烈程度及其思想体系的纠缠，在爱育黎拔力八达朝和硕德八剌朝铁木迭儿派与其儒臣反对派的长期和激烈的争斗中显示得最为清楚。铁木迭儿派坚持维持现状，强烈反对他们的儒臣政敌支持皇帝采取的各种政策。这种冲突导致了爱育黎拔力八达在位后期政府的瘫痪和硕德八剌的被杀。在海山朝和也孙铁木儿朝，旧蒙古贵族显然占了上风，儒臣的声势被压了下去。同样，在图帖睦尔朝，燕铁木儿和伯颜控制了朝廷。虽然诸王和高官不断图谋反对他们或是反对皇帝，但这些图谋都没有成功。虽然皇帝信任儒臣，但儒臣无法影响朝廷的政策，因为燕铁木儿和伯颜紧紧控制着朝廷。
帝位继承危机的不断出现，权臣和官僚派系的兴起，加剧了元中期政治的紊乱和政策摇摆，并且削弱了元朝政府。政府亦被不断膨胀但效率急剧下降的官僚队伍、财政紧缺和通货膨胀等问题所扰。政府还面临着军队衰弱的问题。虽然这些问题通常出现在王朝衰弱时期，但事实上元朝是一个征服王朝，元中期的政治形势毫无疑问使这些问题越来越严重。
元中期的政府确实有一些变化。它通过实行汉法的深化改革，特别是在爱育黎拔力八达、硕德八剌和图帖睦尔朝，使蒙古人的国家在汉地的根基扎得更深。爱育黎拔力八达提高了儒臣在政府中的地位，为使官僚体系更加儒化他恢复了科举考试制度，为使政府部门有效运转和公平审案而编纂了新的法典，为使蒙古和色目精英了解汉人历史经验和治国理论推动了汉文著作的蒙文翻译。为加强中央集权，朝廷采取了削弱贵族权力的措施。硕德八剌继续推行并扩大了他父亲的改革。图帖睦尔在倡导儒家价值和保护汉地艺文方面做出了最大的努力。甚至在海山朝和也孙铁木儿朝，他们两人的草原背景最强，也没有完全回归蒙古草原传统。
但是这些变化并没有推动元朝国家性格的基本转化。甚至推行改革的皇帝亦没有多做使国家性质发生变化的事情，因为他们惧怕彻底背离祖先的统治模式会引起保守势力的强烈反对。爱育黎拔力八达限制贵族特权的失败，就是因为保守势力的反对。科举考试从未达到严重损害精英家族的地步。其他改革措施不过为一个社会政治结构没有根本性变化的朝廷增加了一点汉化和儒化外表。因此，元朝的政府还是保留了部分家产封建制度和部分官僚化的结构。儒学不过是相互竞争以期引起皇帝注意的诸多“宗教”中的一种。蒙古和色目精英与汉人臣民之间的巨大政治和社会鸿沟，虽然较前狭化，但还是没有完全弥合。中期诸帝留给末代皇帝妥欢贴睦尔的，是一个因统治阶级内部经常爆发的激烈争斗而严重削弱了的国家，也是一个已在中国社会扎根但植根还不够深的国家。
3 不是被杀死或推翻的另6位皇帝的平均寿命只有29.3岁，与前5位蒙古大汗形成鲜明对照，他们的平均寿命为58.2岁。这亦能反映蒙古皇室生理和政治上的蜕变。
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