1279年被证明是忽必烈统治的一个分水岭。在这以前，他在事业中很少经历失败。他粉碎了包括他弟弟在内的所有的反对者。他和他的幕僚建立了以汉人模式为基础的但不以汉人思想和风格为支配地位的政府。两个都城上都和大都是良好规划、实用和美丽的。他精心制定的政策得到他疆域中大部分宗教领袖的赞同。他的军队占领了中国的其他地区并且维护了蒙古人对高丽和漠北的控制。他鼓励创造性的艺术，他招募国内一些最有才华的工匠，为宫廷和贵族阶层及对外贸易生产精致的工艺品。他的最明显的失败是对日本的半途而废的入侵，但是他可以文过饰非，把这次失败归咎于摧毁他的军队的可怕的自然灾害——风暴。在他统治的前20年中，所有的其他事务似乎都在平稳地发展。
但是，表象是靠不住的。在表象后面隐藏着一些棘手的问题。一些儒家学者不顺从蒙古人的统治，随着南宋合并到元帝国，他们的不满更加明显。南方的学者没有经历过外族人的统治，相当多的人最终拒绝与蒙古人合作。忽必烈本人在1279年后开始迟钝。当时他年近七十岁，受到健康问题的折磨。痛风使他苦恼，令他难以行走。
忽必烈面对的最紧迫问题是财政问题。他的建筑工程、他对公共事务的支持以及他的军事远征需要的巨额消耗。为了得到必要的资金，忽必烈求助于回回理财大臣阿合马。在《元史》中把阿合马划归为“奸臣”中的一个，中国史料和西方史料都责骂他。1根据他自己的辩护，我们应该认识到阿合马知道对他的评价是根据为宫廷聚敛的税收额而定。他聚敛的金额越高，他的权力、威信和收入越大。他肯定专权纳贿，但是必须记住，他的指责者（那些书写中国历史的人）是对他的政策反感的官员。
从1262年后在中书省任平章政事到1282年死去，阿合马负责国家的财政管理。他首先把登记交税的户数从1261年的1418499户增加到1274年的1967898户。2然后他对商人征收更高的赋税，对新生产的产品实行国家垄断，并禁止私人生产某些商品。总之，阿合马的政策对于国库是有利的。然而中国史料指责他牟取暴利和任人唯亲。他们宣称他利用新的赋税和垄断使自己致富。另外，他们指责他任命回回人为高官显爵，并且试图把自己无经验的、并且可能是不称职的儿子们安插在官僚机构中有权势的位置上。但是，从另一个角度来看，汉人的责备好像不那么严重。把志趣相投的助手和亲戚安插到政府中完全是合情合理的。如果阿合马要克服反对意见和执行他的政策，他必须把他的支持者安排在重要的位置上。他的确强加沉重的赋税并提高商品的价格，但是他在宫廷中的位置——更不必说到提升和奖励的可能性——取决于他满足蒙古人收入要求的能力。他是蒙古朝廷的一个兢兢业业的代理人，这个朝廷对于收入有着巨大和迫切的需求。
但是，阿合马的政策激起宫廷中一些最重要的汉人的反对。忽必烈的儒家幕僚对阿合马的权力愤恨不满，并且指责他牟取暴利，还指责他是谄媚小人，办事奸诈。13世纪70年代后期，皇太子真金显然加入了反对他的行列。真金反对阿合马的儿子和亲戚得到显赫位置。1282年4月10日，当忽必烈在他的陪都上都时，一个汉人阴谋小集团把阿合马从他的家中诱出并将他刺杀。1几天之内，忽必烈返回首都并且处死这个小集团的成员。不过他的汉人幕僚最终使他相信阿合马的奸诈和**。尽管他们用来反对阿合马的证据值得怀疑，但是忽必烈确信这位回回大臣有罪，因此将他的尸首掘出吊在一个集市上，然后忽必烈放出自己的狗群去咬阿合马的尸体。
然而除掉阿合马没有解决忽必烈的财政问题。由于他多次发动对日本和东南亚的远征，在阿合马死后税收需求变得更加紧迫。同时，在13世纪80年代初，忽必烈失去一些他最忠诚的汉人幕僚，包括许衡、姚枢和王鹗；他们都在这个阶段去世。他们的去世使得非汉人幕僚有更多的机会影响忽必烈。忽必烈本人的体弱多病与这些麻烦混合在一起，他越来越多地放弃了统治者的责任，这可能是一部分原因。
中国史料指责另一位称为奸臣的卢世荣利用忽必烈的困难增大自己的权力。阿合马死后，卢世荣任中书省左丞（译者注：应为右丞），管理财政。和阿合马一样，他试图加大政府的税收来应付朝廷不断增长的费用。他试图以专卖、增加市舶税、发行更多的纸币（一种更容易地偿还政府债务的方法）以及擢用商人为课税官员等措施来增加政府的收入。1卢世荣的经济计划与他的前任理财官员阿合马一样引来敌意。汉人指责他牟取暴利、任人唯亲以及剥削他的汉人同胞，还指责他迫害、追捕甚至处死竞争者和对手。这些指责的准确性是令人怀疑的，因为史料中并没有说明卢世荣本人对这些事件的看法。和阿合马一样，卢世荣只是试图提高极度需要的税收，但是他的努力引起他的许多汉人同事的敌视。皇太子又一次成为反对卢世荣的领袖。1285年5月，卢世荣被捕并且在这年年底被处死。卢世荣的死可能除去了一个被汉人视为横征暴敛的人，但是不能缓和朝廷面对的财政问题。
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