真正意义上的事业单位改革可以从两个脉络来看：一是财政来源，事业单位这么庞大的规模谁来养？从财政角度考虑，实际上对事业单位的改革就是尽量把它推向市场。当时事业单位就分了三种：第一种是全额拨款；第二种是差额拨款，拨不足的部分，又分三种，三七开、四六开、五五开；第三种是自负盈亏。任何一个行业中都有全额拨款，研究部门或是行政部门多一点，出版部门、新闻单位少一点。
第二个脉络就是干部人事制度改革，主要是推行了聘任制，推进职称制度改革。十三大以后，1988年开始研究“一切以行政级别划线”的问题，当时，所有事业单位都有行政级别，而公务员制度的建立则成为改革这一痼疾的契机。公务员制度的建立等于全部把事业单位甩出来了，不以行政级别划线就意味着它从政府开始剥离出来，开始政事分开，“这是一个很长的过程。经常反复，现在大学还设有20多个副部级校长，仍没有去掉行政级别”。中国的事业单位大部分脱胎于行
政系统，而行政机构改革有一个怪圈：精简——膨胀——再精简——再膨胀，事业单位改革也会这样吗？从这点考虑，有人提出要“充分估计事业单位改革的难度”。事业单位的改革和当初的机构改革以及企业制度改革面临同样的难点：人的“出口”问题，即富余人员哪里去的问题。
一位评论者指出：众所周知，国有企业改革时有一部分人员分流到了事业单位，而政府机构改革时又有大量的人员挤进了事业单位，事业单位成了两者的“出口”。那么现在，谁又给事业单位改革中富余出来的人员当“出口”呢？如果说，当年正是因为有了事业单位这个“出口”，有了事业单位这个“大后院”，才使得国企改革和政府机构改革有了缓冲带，减轻了改革的难度，那么现在，在事业单位改革中，这一问题到了最终解决的时刻。
国家发改委经济体制综合改革司司长范恒山也承认，这项改革是一个复杂的系统工程，风险性较大，不可能一蹴而就。因此，在制定改革措施时要体现过渡性，要做好必要的保障工作，把改革的力度和社会的可承受度有机结合起来。应该吸取机构改革的教训，摆脱怪圈。政府机构改革的问题在于，曾经有一段没有在法制框架内改革，改革没有法律依据，没有法律约束，现在实际上已经意识到这个问题，《国家政府编制法》在5年内有望出台。
改革的结果将会怎样？一位研究政府体制改革的学者说，目前改革力度不会很大，现在主要的目标还是减轻财政负担，能把财政负担减下来就不错了。
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