在脱烈哥那和法提玛的合谋下,镇海被迫逃奔到阔端处,幸免于难。贵由当政时,以谋害阔端罪处决了法提玛,重新任命镇海为右丞相;处死了奥都剌合蛮,仍命牙老瓦赤主持中原地区的财赋事务。为保证法度的统一,贵由下诏收回诸王散发的牌符;规定诸王不准擅自颁发敕令;对窝阔台汗制定的法律条文,不准改动和任意损益增删等。另外,把管理突厥和河中地区的政务之权交给马思忽惕;命额勒只到鲁木、格鲁吉亚进行统治;原属绰儿马罕的军卒统归于额勒只;诸王所属部下,每10户人家抽2人充当把阿图儿军从征;将统治波斯和阿塞拜疆的权力交给阿儿浑。
察合台的长子木图干在攻占范延堡战争中阵亡,其子哈剌斡忽剌被指定为察合台汗国的继承人。察合台去世后,嫡子也速-蒙哥想成为合罕,但哈剌斡忽剌不让其参与朝政。贵由即位后,认为儿子在世,不能让孙子继承汗位。于是,决定派也速-蒙哥君临察合台汗国。
248年,贵由迁移斡尔朵到叶密立-忽真的途中病逝,仅执政三年。
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