方以智少时富贵、中年流亡、老来出家，这样的人生经历对他的思想形成影响很大。他有着非凡的政治抱负，有《拟上求读书见人疏》、《拟求贤诏》、《拟上求治疏》等劝谏皇帝选贤任能、实行改革的篇章留世。但在当时的社会背景下，他的抱负注定无法实现。
明末清初，西学东渐，方以智一方面广泛研读中国传统学术，一方面学习西方近代自然科学，并最终在哲学和自然科学两方面都造诣颇深。在接受西方科学知识方面，方以智并不是一味盲从，而是经过自己认识、思考，剔除掉其中不正确的部分，这种精神在当时是难能可贵的。
方以智从研究方法和研究目的着眼，将学术分为三类，在中国，他是这种分类方法的首创者，而他提出的“通几”与“质测”的概念，是中国古代科学脱离自然哲学，向近代实验科学迈近的第一步。
方以智在自然科学方面所达到的高度是同时代的人所无法比拟的。他将中国传统天文学和西方天文学结合起来，从全新的视角探讨了地心说、黄赤道、星宿、日月食、历法等问题。在物理学上，他提出光波动学说，认为大气受到激发产生了光，而受激发的气和周围气之间的相互作用便形成光的传播。接着，他又提出光不走直线的观点，称之为“光肥影瘦”，并且记述了光的反射和折射现象。此外，方以智对医学也有深入研究，不仅撰有多部医学著作，还将西方关于人体骨骼、肌肉等方面的知识介绍到中国。
方以智一生著作甚丰，涉及社会多个学科，主要有《通雅》、《物理小识》、《东西均》、《药地炮庄》、《医学会通》、《四韵定本》、《浮山文集》、《切韵源流》、《周易图象几表》、《内经经络》等等。其中，《通雅》和《物理小识》最为著名，被誉为百科全书式的专著，而方以智也因此被誉为“十七世纪罕无伦比的百科全书派”大学者。
【物理小识】这部书是明朝末期著名学者方以智最著名的学术著作，被称为百科全书式的专著。这里的“物理”是指世界上一切事物的道理，“识”指记，所谓《物理小识》就是记载世界上一切事物道理的著作。全书共12卷，内容涉及天文、地理、生物、医药、农学、物理、化学、哲学等多方面，具有很强的实用性，其中很多科学见解超越了那个时代。后《物理小识》被收入《四库全书》，并于17世纪末传入日本，受到广泛欢迎。当“物理学”被国外学者翻译成physics后又传回中国。
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