洪武十二年（1379年）胡惟庸被逮入狱，当时他的罪名并不是谋反。到洪武十三年（1380年）正月，一些揣度了朱元璋心理的朝臣开始向朱元璋参奏胡惟庸的不轨行为。胡惟庸的死党之一，御史中丞涂节是首先告胡惟庸谋反的。与此同时，被谪为中书省属吏的御史中丞商暠，也揭发了胡惟庸的许多。朱元璋就以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，将胡惟庸和涂节、陈宁等人先后处死。
从胡惟庸被杀开始一共延续了14年，朱元璋开展了一场以肃清“胡惟庸逆党”为目的的政治清查。这场清查来得铺天盖地，朱元璋在全国上下到处侦捕，到处牵连蔓引，最后株连杀戮的共有3万多人。可是胡惟庸的“罪状”却是一点点被揭发出来的。当时胡惟庸案发被杀的时候，他的谋反罪并没有实实在在的证据，胡惟庸死后十年，才陆续的揭露出他曾派林贤下海招倭通敌以图谋反；派封绩对元朝的后代称臣，请他们出兵作为外应；让李存义、杨文裕说李善长谋逆；派人下毒，毒死了大明朝的开国功臣刘基等等一系列的罪状。而受“胡党”株连至死或已死而追夺爵位的开国功臣有李善长、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、永嘉侯朱亮祖、等二十一侯和朝臣，就连一向和胡惟庸关系疏远的“浙东四先生”也未能幸免。通过这次肃清，朱元璋把所有可能会威胁他自己和他继承人皇权的人全都扫清。
在杀了那么多人之后，为了平服人心，朱元璋特地颁布《昭示奸党录》，刊印了很多册，发往各地，晓谕臣民。这本小册子的下发颁布，与其说是为了让世人以此为戒，不如说是朱元璋拿这本小册子来掩盖自己滥杀无辜的目的。
胡惟庸案不仅对当时，而且对后世的影响也是深远的。就在胡惟庸被杀之后不久，朱元璋革除了整个中书省，废除了宰相这一职位，以前宰相所做的事都由六部来分理，六部直接对皇帝负责。同时，朱元璋对掌握国家最高军事权力的机构也加以改组，他下令把最高军事权力机构大都督府，拆分成五军都督府，每个都督府都有一个掌握着一定兵权的都督，这几个都督都只对皇帝负责。从此以后皇帝拥有至高无上的权力，中央集权得到进一步加强。至此，皇帝不再允许自己的权力分散，中国君主宗法制的制度被推向了一个新的阶段。
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