王文京不仅带领用友走自主创新道路，而且还积极呼吁国家要给企业创新“助力”。王文京连续担任多届全国人大代表，他最关注的问题也是创新。
他建议国家通过科技基金、产业基金等对企业进行有力度的直接支持，尤其是支持那些被市场证明了的龙头企业以及具有发展潜力的初创企业。
“说到底，自主创新最重要的一点还是以企业为主。”王文京说，企业靠自己投入，在内部研发、技术产品、商业模式、管理上进行创新，这是最基础的，但同时国家的投入也不可或缺。他表示，过去我国的科技专项资金更多使用在大项目、大的科研机构身上，今后，国家需要加大对企业的投入，在一些领域培植和发展出世界级厂商，并依托这些企业，保持较大规模的研发投入和较高的产业水准，形成领先的产业竞争力和产业规模。
2008年3月，王文京对采访他的一位记者透露，他最关注也最担心的一个问题，就是在对整体产业有基础性影响的关键技术开发上，能不能集合国家和企业的力量共同去做。在领域选择上，他建议选择一些目前国外厂商产品还没有形成稳固垄断地位的或新兴的，对经济和社会发展具有重要影响，又具有广阔前景的领域重点扶持，进行突破发展。
“手机芯片、操作系统和数据库这些基础系统的研发”被王文京认为存在巨大商机。
“国家可不可以组织若干企业形成产业联盟组织，然后国家有一定扶持资金，把这个技术攻下来？”王文京建议，国家甚至可以结合相关运营商、手机制造商、软件商、服务商，专门组建一个股份公司。
作为过去中国20年成长企业的创新样本，用友20年创新道路让王文京能够深刻感受技术创新的艰难，以及需要的各种条件和力量参与的必要性。未来的创新之路，一方面需要持续的创新，同时也需要大环境的支持。
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