1381年9月，傅友德被任命为征南将军，蓝玉和沐英两人为副将军。和北伐之战一样，这一次也是皇帝指授征讨的大政方略，而把细节留给将军们自己处理。讨伐军人数达30万。皇帝命令主力军应通过湖广省之辰州和沅州（分别为今湖南之沅陵和芷江）接近云南，并指向普定（在贵州省安顺附近）。他们从普定准备直下“云南咽喉”而趋曲靖，此地在云南省昆明之东北约125公里。另一支小部队则要从永宁（今四川叙永县附近）前往乌撒（今贵州西部之威宁）。据皇帝计算，当北面的小部队在吸引防军的注意力时，主力军会轻易地攻克昆明。昆明拿下以后，主力军应派兵立即驰援乌撒方面的小部队，但主力军的主体仍应直趋西北150英里处的大理。1
计划实现了。他亲自给将军们在京师城外的龙江送行。傅友德的军队在10月份开抵湖广。12月，他派遣一支小部队前往永宁和乌撒，他本人则亲统大军按计划开进云南。把匝剌瓦尔密以10万人守曲靖，但傅友德和沐英生擒敌将，俘获其众2万人。傅友德于是马上率领一支偏师去乌撒，同时，蓝玉和沐英急趋昆明。1382年1月6日，把匝剌瓦尔密已逃离昆明城，焚毁了他的龙衣’把他的妻子赶入湖中淹死，他自己也和大臣们都自杀身亡。蓝玉和沐英再移师大理，此城于1382年4月归降。段氏王朝的头目和他的亲属均被押解至南京。
与此同时，麓川（今云南西南部腾冲附近）掸邦土著酋长思伦发（死于1399年或1400年）被立为平缅宣威司土司。2“土司”是元、明两代在中国南部和西部任命的本地酋长，他们在那些汉民农业人口尚少而不足以为地方政府提供税收基础的地区实施土著人的行政权力。思伦发于1386年叛变，因此必须用武力平叛。云南历洪武朝一直是一个军事难题。事实上，沐英以其余年不断举兵征伐掸族和那里的其他少数民族，特别是征讨汉-藏人种的罗罗族（即彝族的旧称——译者）。1383年4月，傅友德和蓝玉从云南被召还，只留沐英在那里镇守，让他做世袭的军事长官，以监督与其他地方省级政府平行的文职行政机构。
1382年，皇帝显然偏施恩宠于佛教，但受到高级官员李仕鲁1的攻击。李仕鲁，山东人，是一位朱熹（1130—1200年）学派的学者。1382年他被任命为大理寺卿；大理寺自1368年以来第一次又开始办公。李仕鲁强烈地认为，皇帝对佛教僧徒尊崇过当。许多和尚被授以政府中的重要职位，还有一些和尚则享有宫中特权。1382年，皇帝改组了监督全国佛教和道教活动的帝国的这两个机构，给它们命以不那么刺眼的新名称——僧录司和道录司。
1382年，皇帝命令全帝国崇祀孔子——或许他是把这当做对付儒士批评的一个打狗的肉包子。1369年的政策是只准山东曲阜孔府族长祭孔，现在皇帝一改前辙，要全帝国的一切孔庙都在秋、春两季祀孔。21382年6月，在他向孔子致敬以后，他据说又亲往国子监讲《尚书》三篇。3后来在9月份，他又重开在前10年已经停止举行的科举。4
不仅是李仕鲁一个人反对皇帝偏爱佛教。他的大理寺下属、学者陈文辉也正式上疏责备皇帝把佛教徒提升到关键职位上。皇帝没有听从他的批评，陈文辉本人因害怕皇帝震怒，就在南京一个桥头跳水自杀了。5李仕鲁攻击皇帝弃“圣贤之学而崇外夷之教”。他当着皇帝的面指责他亲近佛教道教；目中无人地掷笏于殿阶的地下，请求退隐。皇帝果然大怒，立命军官们徒手把李仕鲁捶打致死。李仕鲁死于殿陛之下。
李仕鲁和陈文辉的观点是对的；皇帝确实是偏宠佛教僧徒。但是，皇帝之所以出此是因为他有一个把三教（释、道、儒三教）合为一个伦理教义的观点。1382年，福建学者沈世荣被召来南京。他给皇帝讲了许多关于三教合一的道理。11375年，沈世荣曾经请皇帝给《道德经》作注疏，现在做了翰林待诏；皇帝在撤消中书省之后因为急需一些文人学士备顾问，所以翰林院重新充实了起来。
洪武帝的马皇后于1382年9月17日去世。她死之后，皇帝和诸王子更加依赖和尚们参加意见。这些亲骨肉王子都奉旨来南京奔丧。葬礼在10月31日举行，这时她的遗体被埋葬在孝陵，即皇帝命令在京师东郊兴建的陵墓。皇帝指示每一个王子须选择一个和尚做宗教事务上的顾问，并在返回各自王国时把和尚随身带走。刚从西藏回京的宗泐和尚就皇后葬礼的细节给皇帝出了些主意，并介绍一些有学问的高僧来唪经。其中有陪伴燕王朱棣的道衍参加这些活动。2当燕王在丧礼过后返回北京时，道衍作为宗教顾问也跟着来到北京。他卜居在一个庙内，不管在燕王夺权以前或以后，他都在各种问题上出谋献计。3朱棣后来在叫他还俗和从政时给他赐名为“广孝”。
洪武帝的第一次内阁制试验在1382年8月结束，那时他废除了四辅官。但是，他马上设立了另外的组织来更加专业化地实施内阁的职责。11月，在废除了统一的御史台之后，紧接着他又废除了他在1380年7月建立起来的谏院。然后又设立了都察院，有监察御史8人，分巡12道。第一批监察御史中有一个学者名詹徽（1393年死），安徽婺源人，是安徽著名文人詹同之子。1在几个月以前的1382年10月，南京吏部曾举行特科考试，詹徽被推荐来应试。通过这次考试，约3700名秀才进政府做了官。许多人被任以极其重要的行政职务，其中也有人做了尚书。这次特科选拔的士子论其才干有以下6个方面：（1）经明而行修者；（2）擅长书法者；（3）对经书意义有深入了解者；（4）人品俊秀者；（5）有治国才具者；（6）语言有条理者。
但是在关于日常行政的谘询方面，洪武帝没有切实可行的其他途径，而不得不又来依靠特殊的学者-顾问集团——这些人最终组成了非正式的内阁。1382年12月，他设置了大学士之职，其职责是提出建议和批阅国家的公文。大学士们被任命为紫禁城内各宫殿中随时应召的官员：最典型的一个职称便是文华殿大学士。1382年，皇帝从翰林学士中提升了四名大学士。由于大学士分散在各宫各殿，不聚集在一处，因此不能向皇帝的旨意提出统一的挑战。2
1 关于此案文献的研究，见吴晗：《胡惟庸党案考》[588]，载《燕京学报》，15（1934年6月），第163—205页。 2 檀上宽：《明王朝成立期之轨迹》[132]，第6页。 1 明太祖：《御制文集》[392]（明版日期不详；重印于《中国史学丛书》，台北，1965年），2，第13页；山根幸夫：《“元末之反乱”与明朝支配之确立》[601]，载《岩波讲座世界历史》，12（东京，1971年），第50页。 1 关于这些变化的讨论，见贺凯：《明王朝的起源及其制度的演变》[267]，第42—43页；贺凯：《明王朝的政府组织》[265]，载《哈佛亚洲研究学报》，21（1958年），第27—29、48—49、57—58页；以及他在《剑桥中国史》第8卷中的一章，即将出书。 2 《明通鉴》[210]，1，第373页。 3 《国榷》[498]，7，第588页。 1 《国榷》[498]，7，第591页；《明通鉴》[210]，1，第378页。见李晋华：《明代敕撰书考》[320]，《哈佛-燕京国学引得从书补编》，3（北平，1932年），第12页。《臣诫录》[382]原为10卷。不全的5卷本照相平版印刷本见于明太祖：《明朝开国文献》[388]（明初本；重印本见《中国史学丛书》，34，吴相湘编，台北，1966年），1，第415—524页。 2 见李晋华：《明代敕撰书考》[320]，12；明太祖：《高皇帝御制文集》[387]（1535年编），15，第13—15页，见有关序言；以及明太祖：《明朝开国文献》[388]，2，第585—1218页和3，第1219—1278页，见洪武版重印本。 3 《明人传记辞典》[191]，第640页；李晋华：《明代敕撰书考》[320]，第12页。 4 关于四辅官，见《明纪》[53]，4，第18页；黄章健：《论明初的四辅官》[239]，重印于他的《明清史研究丛稿》[242]（台北，1977年），第57—119页。 1 四辅官于1382年8月取消。见《明纪》[53]，4，第22页。 2 传记见《明人传记辞典》[191]，第1444—1447页；《明史》[41]，289，第7414—7415页。 1 见《明通鉴》[210]，1，第396页。 2 关于思伦发，见《明人传记辞典》[191]中他儿子思任发（1400—1445年）的传记，第1208—1214页。 1 本传见《明史》[41]，139，第3988—3989页。 2 《明通鉴》[210]，1，第396页。 3 《国榷》[498]，7，第620页。 4 《明通鉴》[210]，1，第402页。 5 《明通鉴》[210]，1，第398页。 1 《明通鉴》[210]，1，第405—406页。关于沈世荣，见明太祖：《谕翰林待诏沈世荣》，载《御制文集》[392]（台北重印本，1965年），8，第17—18页。沈世荣著有《续原教论》[467]，其序为1385年（出版地点不详，1875年木刻本）。 2 道衍的传记可见之于《明人传记辞典》[191]中的姚广孝条，第1561—1565页：《明史》[41]，145，第4079—4082页。 3 《明纪》[53]，4，第23页；《明通鉴》[210]，1，第405页。 1 关于詹同的传记，见《明人传记辞典》[191]，第43—44页，及《明史》[41]，136，第3927—3929页；詹徽的传记见《明人传记辞典》，第35—36页，及《明史》，136，第3929页。 2 《国榷》[498]，7，第630页。
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