出任德国首相之后，希特勒准备修改法律，试图获得独裁的大权。1933年2月20日，希特勒召集包括西门子在内的20几家德国公司开了一个秘密会议。希特勒在会上直言，他所在的纳粹需要筹集300万德国马克的资金，用以展开政治宣传，这样纳粹党有机会在3月份的国会选举中获得2/3的席位，以便接下来成功修改德国法律 。希特勒同时坦言，政府只有获得绝对的权力才有能力来保卫德国，而一个强大的德国有利于你们这些私人企业。
在德国企业政治献金的作用下，希特勒实现了他的独裁计划。3月24日，《德国授权法案》在德国国会通过。按照这个法案，德国政府可直接签署法律而无需通过议会。在获得了独裁大劝之后，希特勒在德国大规模修路建桥。这些工程一来可以增加政府开支，带动就业，促进经济复苏；二来也为其之后发动战争而作好准备。1936年，7000万人口的德国有2000万人从事建筑工作 。在这个过程中，西门子接到了大量的工程，并在德国造出了世界上第一个水电站。
1939年，二战爆发。西门子开始为纳粹生产军需物资，并且接受生产核武器所需的粒子加速器研发任务。1942年，西门子还在纳粹集中营设置了一家精密仪器和校准的工厂，大量的战犯为西门子工作。到了1944年二战结束前夕，西门子20万员工中有15万是集中营的在押犯 ，这个时候西门子的规模也是其成立以来最大的。
1945年，德国宣布战败，希特勒政府彻底倒台。西门子公司也不得不关闭在柏林的工厂，加上战争中的破坏，西门子在二战中的损失高达25.8亿德国马克，占西门子总资产的4/5。二战结束之后，德国被苏、美、英、法等同盟国控制，西门子公司也因为在战争中替希特勒政府出力而接受同盟国的处罚。当时公司董事长赫尔曼?西门子被关押，另外几个董事选择自杀，还有一些董事被流放到俄罗斯。西门子公司损失惨重。
不过没过多久，美国就调整对德国（西德）的政策，改而进行经济扶植，西门子等德国企业于是也卷土重来。
1945年，西门子公司预料到德国被苏、美等国共占的局面可能会导致德国的分裂，因此作出决策，将公司的资产迁至西德、南德地区。1949年4月，在德意志联邦共和国（西德）和德意志民主共和国（东德）成立的前夕，西门子已将其全部资产和工厂迁移至慕尼黑和爱尔兰根（西德境内），新门子也从此进入了复兴年代。1950年，西门子公司的运营回复正常，其销售量达到战前1936年—1937年的水平 。
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